Die heutige Arbeitsgemeinschaft wurzelt im ehemaligen Referat für Höhlenschutz am Bundesdenkmalamt in Wien, wo sie die Agenden bis zum Übergang des seit 1928 bundesweit einheitlichen Gesetzes zum Schutz der Höhlen in die
jeweiligen Landeskompetenzen (1974) wahrzunehmen hatte. Die bis dahin klare und übersichtliche rechtliche Lage und die Fachkompetenz
erfuhren dadurch eine recht drastische Zäsur, die bis heute nicht sinnvoll überwunden werden konnte. Das Referat für Höhlenschutz
bestand im Bundesdenkmalamt noch bis 1979, nahm dabei vor allem dokumentatorische Aufgaben wahr und führte Forschungsarbeiten
- z.B. Bergungen von paläontologischen und urgeschichtlichen Funden in Höhlen - durch.
1979 kam das Referat als Institut für Höhlenforschung unter der Leitung von Dr. Hubert Trimmel zum Naturhistorischen Museum. Es blieb jedoch bis 1983 in den Räumen des Bundesdenkmalamtes
beheimatet, bis es ins Museumsquartier (ehemalige Hofstallungen, dann Messepalast) übersiedelte.
1987 wurde es in die „Karst- und höhlenkundliche Abteilung - Speläologisches Dokumentationszentrum“ umbenannt bzw. umgewandelt.
2012 wurde die Abteilung als Karst- und Höhlenkundliche Arbeitsgemeinschaft in die Geologisch-Paläontologische Abteilung integriert.
In vieler Hinsicht ist die Arbeitsgemeinschaft als Nachfolgeinstitution des ehemaligen, traditionsreichen Speläologischen
Institutes am Landwirtschaftsministerium zu sehen, das sich mit Karst- und Höhlenforschung allgemein, späterhin vorwiegend
mit Karstwasserfragen beschäftigt hat. Die Arbeit der Karst- und Höhlenkundlichen Abteilung ist geprägt von einer intensiven
Zusammenarbeit mit dem Verband Österreichischer Höhlenforschung und seinen Mitgliedsvereinen und Schauhöhlen. Die Tätigkeit umfasst einerseits dokumentatorische Aufgaben und Forschungsarbeiten, andererseits traten in den letzten Jahren
angewandte Projekte - so etwa im Rahmen der Wasserversorgung Wiens, die zu 96% aus Karstgebieten erfolgt - mehr in den Vordergrund.
Eine Schausammlung im Haus am Ring konnte die vergleichsweise junge Abteilung bislang aus Platzgründen noch nicht realisieren.
Die vor kurzer Zeit auch in verschiedenen Karst- und Höhlengebieten Österreichs gezeigte Höhlenausstellung sollte ein gewisser
Ersatz dafür sein. Ein kleiner Folder (Speläopfad-Folder) durch die höhlen- und karstkundlich relevanten Teile der verschiedenen
Schausammlungen soll das Fehlen einer eigenen Dauerausstellung vorerst kompensieren. Eine aktualisierte Neuauflage ist für
2016 vorgesehen.