In der Fotosammlung befinden sich Glasplattennegative und Positivabzüge, die aus konservatorischen Gründen in einer Kühlzelle aufbewahrt werden. Abzüge in verschiedenen Größen und fotografischen Techniken lagern in den klimatisierten Depots. Der Sammlungsschwerpunkt liegt auf der Fotografie des 19 Jhdt. bis zur frühen ersten Hälfte des 20 Jhdt. Die ältesten Fotos stammen aus der Mitte des 19. Jahrhunderts. Viele der Aufnahmen entstanden während wissenschaftlicher Expeditionen in der ganzen Welt: Fotografien von Franz Antoine (1815 1886 Wien), Ludwig Grillich (1856 1926 Wien), Wilhelm J. Burger (1844 1920 Wien), Ferdinand Pfeiffer von Wellheim (1859 1935 Wien), Friedrich Simony (1813 Hrochow Teinitz/Böhmen 1896 Sankt Gallen), Oskar Simony (1852 1915 Wien), Raimund Stillfried von Rathenitz (1839 Komotau/Böhmen 1911 Wien), Graf Hans Wilczek (1837 1922 Wien), Samuel Bourne (1834 1912) etc.
Den größten Bestand innerhalb der Fotosammlung bilden über 5600 Glassplattennegative des Ichthyologen Viktor Pietschmann.