PhD
Martin Kapun

Bioinformatiker
  • Bioinformatischer und biostatistischer Support & Training
  • Software Entwicklung (UNIX, Python, R)
  • Forschung im Fachgebiet Populationsgenomik und Phylogenetik
  • Data-management und Entwicklung von hard- und software-seitiger Infrastruktur
  • Strategieentwicklung von Open Science- und Open Data-Konzepte
Martin Kapuns ORCID Eintrag:
Martin.Kapun@nhm-wien.ac.at
Telefon: +43 1 52177-311

Ausbildung

  • 2008-2013: PhD in Ökologie an der Vetmeduni Wien, Austria; Thema: The genetic basis of adaptation in Drosophila melanogaster; Betreuer: Prof. Christian Schlötterer & Prof. Thomas Flatt
  • 2002-2007: Magister rerum naturalis in Ökologie an der Universität Wien, Austria; Thema: The genetic structure of Slovakian Bee-eaters (Merops apiaster): Microsatellite differentiation between individuals and colonies; Betreuer: Dr. Christian Schultze & Prof. Konrad Fiedler
  • 1999-2004: Bacchalaureus rerum naturalis in Biodiversität and Ökologie an der Karl Franzens Universität Graz, Austria

Beruflicher Werdegang

  • seit Juli 2021: Bioinformatiker am Naturhistorischem Museum Wien, Österreich
  • seit 2019: Group Leader am Department of Cell and Developmental Biology, an der Medizinischen Universität Wien, Austria
  • 2019 -2021: Group Leader am Department of Evolutionary Biology and Environmental Studies an der Universität Zürich, Schweiz in der Gruppe von Prof. Wolf Blanckenhorn
  • 2019: Bioinformatiker in der Gruppe von Prof. Tadeusz Kawecki am Department of Ecology and Evolution an der Universität Lausanne, Schweiz
  • 2013-2018: Postdoctoral Research Associate mit Prof. Thomas Flatt am Department of Ecology and Evolution and der Universität Lausanne, Schweiz und am Department of Biology, Ecology and Evolution und an der Universität Fribourg, Schweiz
  • 2008-2013: PhD Student in der Gruppe von Prof. Christian Schlötterer am Institut für Populationsgenetik, Vetmeduni Wien, Austria
  • 05/2007-05/2008: Research Assistant von Prof. Dr. Hans Winkler zum Thema: Population genetic studies of migratory birds, European beavers and phylogeny of Piciformes am Konrad Lorenz Institut für vergleichende Verhaltensforschung, der Vetmeduni Wien, Austria
 

Förderungen, Auszeichnungen, Stipendien

  • 2019: FWF-Grant (P 32275) zum Thema: Keep cool: The Influence of Symbionts on Thermal Preference
  • 2016-2018: 3 x ESEB STN travel grant
  • 2013: PhD Diplom mit Auszeichnung abgeschlossen
  • 2009: DOC-Stipendium der österreichischen Akademie der Wissenschaften
  • 2008: Leistungsstipendium der Universität Wien
  • 2008: Magister Diplom mit Auszeichnung abgeschlossen
 

Akademische Lehrtätigkeit

Studentenbetreuung
Postdoc (1); PhD-Studenten (3); Master-Studenten (3)

Vorlesungen und Übungen
  • 2020: Ecology block course (Bio329); UZH Zürich (lecturer)
             Insect Reproduction block course (Bio310); UZH Zürich (main organizer & lecturer)
  • 2019: Animal behavior block course (Bio352); UZH ZÜRICH (lecturer)
             Evolution practicum (Bio116); UZH Zürich
  • 2017: Practical Course in Molecular Genetics (main organizer & lecturer)
              Drosophila Genetics TP, UNIL Lausanne
  • 2016: Practical Course in Molecular Genetics (main organizer & lecturer)
              Drosophila Genetics TP, UNIL Lausanne
  • 2015: Experimental Design Course; UNIL Lausanne (main lecturer)
              Drosophila Genetics TP, UNIL Lausanne (main organizer & lecturer)
  • 2015: NGS Workshop 2015: Introduction to bioinformatics with Python and data analysis using next generation sequencing (NGS), UNIL Lausanne (main organizer & main lecturer)
  • 2014: Experimental Design Course; UNIL Lausanne
             Bioinformatics TP, UNIL Lausanne
             Introduction to Scientific Writing, UNIL Lausanne
  • 2012: PhD student Introductory Course 2012: Introduction to bioinformatics programming with Python and data analysis using next generation sequencing (NGS), Vetmeduni Vienna (lecturer)
  • 2011: Introduction to Scientific Writing, UNIL Lausanne
              Einführung in die Biostatistik, Vetmeduni Vienna (main organizer)
               NGS Workshop 2011: De novo assembly, a brief introduction to ABySS, Vetmeduni Vienna (lecturer)
Eine komplette Liste von begutachteten Publikationen, von Manuskripten auf Preprint servern, sowie mein Citation Index (H-index) finden sich online auf Google Scholar unter: https://scholar.google.at/citations?user=teelSJ8AAAAJ&hl=de
Geteilte Erstautorenschaft oder Korrespondenz sind mit einem Sternchen (*) gekennzeichnet.
Meine fünf wichtigsten Publikationen sind mit einem Parapgraph Symbol (§) gekennzeichnet.


Originalarbeiten in begutachteten Fachjournalen


BETANCOURT NJ, RAJPUROHIT S, DURMAZ E, FABIAN DK, KAPUN M, FLATT T, & SCHMIDT P (2021). Allelic polymorphism at foxo contributes to local adaptation in Drosophila melanogaster. Molecular Ecology, 30: 2817-2830. doi: https://doi.org/10.1111/mec.15939

KAPUN M*, NUNEZ JCB*, BOGAERTS-MÁRQUEZ M*, MURGA-MORENO J*, PARIS M*, OUTTEN J, … BERGLAND AO (2021). Drosophila Evolution over Space and Time (DEST) - A New Population Genomics Resource. Molecular Biology and Evolution, (msab259). doi: 10.1093/molbev/msab259

§KAWECKI TJ, ERKOSAR B, DUPUIS C, HOLLIS B, STILLWELL RC, & KAPUN M (2021). The Genomic Architecture of Adaptation to Larval Malnutrition Points to a Trade-off with Adult Starvation Resistance in Drosophila. Molecular Biology and Evolution, 18. doi: doi:10.1093/molbev/msab061

KAYA C, GENERALOVIC TN, STÅHLS G, HAUSER M, SAMAYOA AC, NUNES-SILVA CG, … KAPUN M, SANDROCK C (2021). Global population genetic structure and demographic trajectories of the black soldier fly, Hermetia illucens. BMC Biology, 19(1), 94. doi: 10.1186/s12915-021-01029-w

WALLACE MA, COFFMAN KA, GILBERT C, RAVINDRAN S, ALBERY GF, ABBOTT J, … KAPUN M … OBBARD DJ (2021). The discovery, distribution and diversity of DNA viruses associated with Drosophila melanogaster in Europe. Virus Evolution, (veab031). doi: 10.1093/ve/veab031

KAPOPOULOU A*, KAPUN M*, PIEPER B*, PAVLIDIS P*, WILCHES R*, DUCHEN P*, … LAURENT S* (2020). Demographic analyses of a new sample of haploid genomes from a Swedish population of Drosophila melanogaster. Scientific Reports, 10(1), 22415. doi: 10.1038/s41598-020-79720-1

DURMAZ E, KERDAFFREC E, KATSIANIS G, KAPUN M*, & FLATT T*. (2020). How Selection Acts on Chromosomal Inversions. eLS (Encyclopedia of Life Sciences), in press

§KAPUN M*, BARRON MG*, et al. (2020). Genomic analysis of European Drosophila melanogaster populations reveals longitudinal structure, continent-wide selection, and previously unknown DNA viruses. Molecular Biology and Evolution. 37, 2661–2678 (doi:10.1093/molbev/msaa120)

WANG Y, KAPUN M, KUENZEL S, BERGLAND AO, STAUBACH F. (2020). Common structuring principles of the Drosophila melanogaster microbiome on a continental scale and between host and substrate. Environmental Microbiology Reports. 12, 220–228. (doi:10.1111/1758-2229.12826)

HOEDJES KM, HEUVEL J VAN DEN, KAPUN M, KELLER L, FLATT T, ZWAAN BJ. (2019). Distinct genomic signals of lifespan and life history evolution in response to postponed reproduction and larval diet in Drosophila. Evolution Letters. 3, 598-609. (doi:10.1002/evl3.143)

RAMAEKERS A, CLAEYS A, KAPUN M, MOUCHEL-VIELH E, POTIER D, WEINBERGER S, GRILLENZONI N, DARDALHON-CUMÉNAL D, YAN J, WOLF R, FLATT T, BUCHNER E, HASSAN BA. (2019). Altering the Temporal Regulation of One Transcription Factor Drives Evolutionary Trade-Offs between Head Sensory Organs. Developmental Cell. 50, 780-792. (doi:10.1016/j.devcel.2019.07.027)

DURMAZ E, RAJPUROHIT S, BETANCOURT N, FABIAN DK, KAPUN M, SCHMIDT PS, FLATT T (2019) A clinal polymorphism in the insulin signaling transcription factor foxo contributes to life‐history adaptation in Drosophila. Evolution. 73, 1774-1792. (doi:10.1111/evo.13759)

FABIAN DK, GARSCHALL K, KLEPSATEL P, SANTOS-MATOS G, SUCENA É, KAPUN M, LEMAITRE B, SCHLÖTTERER C, ARKING R, FLATT T (2018) Evolution of longevity improves immunity in Drosophila. Evolution Letters. 2, 567-579. (doi:10.1002/evl3.89)

KAPUN M*, FLATT T*. The Evolutionary Significance of Inversion Polymorphisms in Drosophila melanogaster. (2018) Invited Review for a Special Issue in Molecular Ecology. 28, 1263-1282. (doi:10.1111/mec.14871)

MALLARD F, NOLTE V, TOBLER R, KAPUN M, SCHLÖTTERER C (2018) Rapid metabolic rewiring drives adaptation to novel thermal environments in Drosophila. Genome Biology, 19, 119. (doi:10.1186/s13059-018-1503-4)

TRUITT A, KAPUN M, KAUR R, MILLER W (2018) Wolbachia infections modify temperature preference in Drosophila melanogaster. Environmental Microbiology. 21, 3259-3268. (doi:10.1111/1462-2920.14347)

DURMAZ E, BENSON C, KAPUN M, SCHMIDT PS, FLATT T (2018) A Chromosomal Inversion Polymorphism Underpins Latitudinal Clines in Survival Traits. Journal of Evolutionary Biology. 31, 1354-1364. (doi:10.1111/jeb.13310)

BEHRMAN E, HOWICK VM, KAPUN M, STAUBACH F, BERGLAND AO, PETROV DA, LAZZARO BP, SCHMIDT PS (2018) Rapid seasonal adaptation in innate immunity of wild Drosophila melanogaster. Proceedings of the Royal Society of London B. 285, 20172599. (doi:10.1098/rspb.2017.2599)

KAPUN M*, SCHMIDT C*, DURMAZ E, SCHMIDT PS, FLATT T (2016) Parallel effects of the inversion In(3R)Payne on body size across the North American and Australian clines in Drosophila melanogaster. Journal of Evolutionary Biology, 29, 1059-1072

§KAPUN M, FABIAN DK, GOUDET J, FLATT T (2016): Genomic Evidence for Adaptive Inversion Clines in Drosophila melanogaster. Molecular Biology and Evolution, 33, 1317-1336

RANE RV, RAKO L, KAPUN M, LEE SF, HOFFMANN AA (2015). Genomic evidence for role of inversion 3RP of Drosophila melanogaster in facilitating climate change adaptation. Molecular Ecology, 24, 2423-2432

SZKIBA D, KAPUN M, VON HAESELER A, GALLACH M (2014). SNP2GO: Functional Analysis of Genome-Wide Association Studies. Genetics, 197, 285–289

§KAPUN M, VAN SCHALKWYK H, MCALLISTER B, FLATT T AND SCHLÖTTERER C (2014). Inference of chromosomal inversion dynamics from Pool-Seq data in natural and laboratory populations of Drosophila melanogaster. Molecular Ecology, 23, 1813–1827

FABIAN DK*, KAPUN M*, NOLTE V, KOFLER R, SCHMIDT P, SCHLÖTTERER C, FLATT T (2012) Genome-wide patterns of latitudinal differentiation among populations of Drosophila melanogaster from North America. Molecular Ecology, 21, 4748–4769

OROZCO-TERWENGEL P*, KAPUN M*, NOLTE V*, KOFLER R, FLATT T, SCHLÖTTERER C (2012) Adaptation of Drosophila to novel laboratory environment reveals temporally heterogeneous trajectories of selected alleles. Molecular Ecology, 21, 4931–4941

KAPUN M, DAROLOVÁ A, KRIŠTOFIK J, MAHR K, HOI H (2011): Distinct colour morphs in nestling European Bee-eaters Merops apiaster: is there an adaptive value? Journal of Ornithology, 152, 1001-1005

KAPUN M, NOLTE V, FLATT T, SCHLÖTTERER C (2010): Host Range and Specificity of the Drosophila C Virus. PLoS ONE, 5, 3043–3046


Bücher, Buchkapitel


HAUDRY A, LAURENT S, KAPUN M (2020): Population Genomics on the Fly: Recent Advances in Drosophila. in Dutheil J, editor. 2020. Statistical Population Genomics, Methods in Molecular Biology. Springer US. (doi:10.1007/978-1-0716-0199-0. ISBN: 978-1-07-160199-0)

Zentrale Forschungslaboratorien

De Mattia Willy
Projektmitarbeiter
Duda Michael
Projektmitarbeiter
Fischer Iris
Projektmitarbeiterin
Haring Elisabeth
Abteilungsdirektorin
Helmer Nikolaus
Projektmitarbeiter
Kirchner Sandra
Projektmitarbeiterin
Kruckenhauser Luise
Wissenschaftliche Mitarbeiterin
Leeb Christoph
Projektmitarbeiter
Macek Oliver
Projektmitarbeiter
Pail Victoria
Projektmitarbeiterin
Reier Susanne
Projektmitarbeiterin
Schindelar Julia
Technische Assistentin
Schoder Sabine
Projektmitarbeiterin
Schubert Hannah
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Schwahofer Paula
Projektmitarbeiterin
Sittenthaler Marcia
Administration, Technische Assistentin, Projektmitarbeiterin
Szucsich Nikolaus
ABOL-Manager
Tautscher Barbara
Technische Assistentin
Wanka Alexandra Julia
Technische Assistentin (ZFL) / Sekretariat (2. Zoologie)
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Operator für Mikroanalytik
Wolf Paul
Projektmitarbeiter
  
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