Die Zentralen Forschungslaboratorien umfassen das Forschungslabor für molekulare Systematik (DNA-Labor) sowie die elektronenmikroskopisch-analytischen Einrichtungen.
Im DNA-Labor werden Forschungsprojekte zu verschiedenen evolutionsbiologischen Themen durchgeführt. Diese umfassen u.a. Fragen zur Systematik, Phylogenie, Phylogeographie und Populationsgenetik. Weiters wird eine Gewebe- und DNA-Sammlung mit derzeit über 16.000 Einzelproben geführt.
Die elektronenmikroskopisch-analytischen Gerätschaften umfassen zwei Rasterelektronenmikroskope (REM) sowie eine Elektronenstrahlmikrosonde (EMS).
Beide Einheiten - DNA-Labor und Elektronenmikroskopie - stehen allen Abteilungen des NHM für wissenschaftliche und routinemäßige Untersuchungen zur Verfügung.